Ma per Madre Clelia le prove e le difficoltà non sono concluse. Negli anni 1903 e 1904 è vittima di aspre calunnie: perde prestigio e influenza sulle sue figlie e non viene più consultata né informata sulle decisioni prese nel Governo dell’Istituto.

A Piacenza viene nominata Vicaria Generale Madre Marcellina Vigano e Madre Clelia è inviata ad Alessandria con alcune suore. Durante la sua permanenza in questa città ella viene a conoscenza di un progetto: si vuole cambiare il titolo dell’Istituto, dedicandolo non più al Sacro Cuore, ma a un Santo. La Fondatrice reagisce categoricamente a questo tentativo, decisa a rimanere fedele alle ispirazioni del suo carisma.

La situazione della Congregazione si fa sempre più difficile, soprattutto per Madre Clelia. Dal 1909 al 1911 si susseguono tre Visite Apostoliche, che si concludono con la decisione di allontanare la Fondatrice dal governo dell’Istituto. Considerando le difficoltà interne, dopo cinque anni di intense lotte interiori, Madre Clelia decide di lasciare la Congregazione, perché non ne sia pregiudicata la sopravvivenza a causa della sua persona non gradita ad alcuni membri.

La prima tappa del suo “esilio” è Genova, dove si dirige la notte del 24 giugno 1916. Nel 1917 si trasferisce a Torino. Nell’ottobre del 1921 è invitata da Don Giuseppe Di Gennaro a Roccagiovine, insieme alla sua piccola comunità. Risiede nel Castello Orsini e lavora alla Direzione di una scuola. Nel giugno del 1924 raggiunge Don Di Gennaro a Marcellina dove era stato trasferito. Ritorna finalmente nel suo Istituto a Roma, nella Casa Generalizia, il 7 marzo 1928 all’età di 67 anni già fisicamente debilitata per le malattie e le prove morali. Nei due ultimi anni di vita, si dedica soprattutto alla preghiera; offre le sue sofferenze al Signore per la conversione dei peccatori, per gli oppressi e gli abbandonati, per la Chiesa, per il suo Istituto e per la gloria del Cuore di Gesù.

Madre Clelia Merloni muore il 21 novembre 1930, di venerdì, nella festa della Presentazione di Maria Santissima al Tempio, in concetto di santità. Il suo corpo viene deposto nel Cimitero di Campo Verano a Roma, dove rimane per 15 anni. Il 17 maggio 1945 la salma viene riesumata: il suo corpo risulta incorrotto. Tre giorni dopo ha luogo la traslazione della salma in forma solenne nella Casa Generalizia, Via Germano Sommeiller 38, dove tuttora riposa nella parete laterale destra della Cappella e dove è attualmente venerata.